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这些页面按重点领域列出了我们的核心设施。这些是核心的简要概况;要了解更多关于每个核心的详细信息,包括位置、联系信息和设备清单,请查看我们的清单中的设施概述搜索数据库


UNC提供基因组学的全谱基础的服务。从多芯片平台,多种高通量测序系统,实时PCR,原位杂交支持,UNC拥有高技能的核心设施,能满足大部分需求。

基因分型

功能基因组学核心执行表达分析和SNP基因分型(Affymetrix)服务。我们目前拥有Beckman Coulter的Biomek®FXP Target Prep Express机器人和Affymetrix的GeneTitan仪器,可以在一周内处理数百个微阵列样品,并处理高通量表达peg阵列和Axiom基因分型高通量peg阵列。此外,我们还有Affymetrix GeneChip®Scanner 3000 7G Plus靶向基因分型系统。它能够扫描Affymetrix生产的所有研究阵列,包括将整个基因组放在一个GeneChip®上的高密度表达阵列。该设备包括2个Fluidics工作站450s和GeneChip®Hybidization烘箱645。

哺乳动物基因分型核心提供使用Illumina微阵列(珠状芯片)进行基因分型、CNV分析或DNA甲基化的服务。

表达分析

功能基因组学核心执行表达分析和SNP基因分型(Affymetrix)服务。我们目前拥有Beckman Coulter的Biomek®FXP Target Prep Express机器人和Affymetrix的GeneTitan仪器,可以在一周内处理数百个微阵列样品,并处理高通量表达peg阵列和Axiom基因分型高通量peg阵列。此外,我们还有Affymetrix GeneChip®Scanner 3000 7G Plus靶向基因分型系统。它能够扫描Affymetrix生产的所有研究阵列,包括将整个基因组放在一个GeneChip®上的高密度表达阵列。该设备包括2个Fluidics工作站450s和GeneChip®Hybidization烘箱645。


Vironomics核心通过进行大规模实时定量PCR反应、扩增子生成和约200-600bp的下一代测序,促进了UNC的研究。这是完成使用离子洪流S5,伴侣离子洪流厨师,和机器人辅助PCR 96和384良好的格式。
Vironomics Core目前为病毒和mirna分析提供了多个实时qPCR阵列,包括:KSHV、EBV、HSV1和HSV2、RRV、HCMV、NFkappaB、Pre-miRNA和P53response12。独特的自动化机器人技术也使Vironomics核心能够为客户提供定制的和商业的实时PCR检测。
Vironomics核心使用几个自动化机器人进行大规模实时PCR。一辆Tecan Freedom Evo©用于在384孔板中建立反应,然后由Roche Lightcycler 480 II进行操作©。这是一种快速有效的RT-qPCR扩增样品的方法。

测序

高通量测序设备应用高通量测序技术的工具,丰富UNC科学家的癌症研究。高通量测序是一项发展极其迅速的技术,被广泛应用于基因组测序、基因组重测序、chip-seq、cDNA测序、数字表达和微rna丰度等领域。
HTSF是一个全方位服务的测序设施,提供多种平台和几种不同的先进技术,以协助遗传和基因组研究。这些平台包括:Illumina公司的MiSeq, HiSeq2500和HiSeq 4000,离子质子和PacBio RSII。
基因组测序基础的应用程序包括:C全基因组重新测序,包括在个体基因组中进行全面的多态性和突变发现;靶向基因组重测序,包括靶向多态性和突变发现;ChIP-seq(染色质免疫沉淀-测序)用于蛋白质- dna相互作用的全基因组定位;小RNA序列;转录组测序用于量化基因表达和选择性剪接、转录注释和发现转录的SNPs或体细胞突变;测序双硫酸化处理的DNA,以确定甲基化DNA的存在;和宏基因组测序。HTSF使用多个自动化机器人平台进行大规模的图书馆准备工作,以确保图书馆准备工作的再现性和质量。新的HTSF研发小组将与研究人员合作,开发高通量测序的新应用,并提供机会在开发的beta阶段测试图书馆准备包,并评估新的测序或基因组绘图技术。

Vironomics核心执行采用离子洪流S5和播离子洪流厨师下一代测序并且通过执行大规模实时定量PCR反应(请参见表达分析部分)。

北卡大学微生物组核心设施提供医学UNC学校和北卡罗莱纳州与设施和专门知识州内的研究团体在各种环境的表征复杂的微万博网站登录页生物群落。对于微生物分析微生物组核心提供全面的服务,包括实验设计,核酸的分离(DNA / RNA),条形编码,文库制备和测序使用适当的Illumina公司或者生命科学平台和生物信息学分析。由核心提供的其他服务包括:定量和数字PCR,创建克隆文库,菌株分型,细菌培养条件的优化,和高通量液体处理(PCR反应设置,样品池,核酸的PicoGreen定量)的。

遗传学

RNAi筛选设备提供以技术为UNC科学界进行基于细胞筛选,并确定每个基因在人类基因组特定表型的贡献。基因表达的RNAi的介导的抑制是用于识别的基因和它们的同源表型,表达涂改的其损失的细胞表型的有效方法。RNA干扰HTS基金管理从Dharmacon的人类基因组siRNA文库,〜84,500的siRNA靶向基因21,125(参考序列数据库v5.0-8.0)组成。
该设施将提供免费的人类基因组siRNA文库,在384个微孔板中进行文库的机器人定位,指导筛检开发,支持筛检仪器的开发以及初级和次级筛检的实施。设备设施包括一个Biomek FX格式化&发现微型板块,BMG Pherastar FS多功能板读者,BioTek液滴系统(2),Cellomics高含量筛查显微镜,组织文化罩和孵化器(2),组织培养显微镜,ScreenAble软件包,它提供了一个高性能的工具包来跟踪和分析生物筛选微量滴定板。

人多能干细胞核心设施为北卡罗来纳大学的科学家和外部合作者提供服务,利用人类胚胎干细胞(hES)细胞和人类诱导多能干细胞(hiPS)细胞成功地进行基础研究和转化研究。
可提供的服务和支持类型:
细胞衍生和表征服务:代和成纤维细胞,血细胞和使用无集成的方法等自定义单元格类型的hiPS细胞的表征。的hES和hiPS细胞神经祖细胞的分化,成熟的神经元,心肌细胞,肝细胞,间质干细胞,成骨细胞,脂肪细胞和内皮细胞。
哺乳动物细胞基因组编辑:TALEN/CRISPR载体基因敲除和敲入设计、构建和测试咨询和全面服务。TALEN/ crispr介导的点突变导入和/或修复,创造同基因细胞系和自定义定位载体与TALEN或CRISPRs联合使用,用荧光蛋白标记内源基因。
基因调控服务;核心提供完整的服务,包括设计,建造和在ZFP组成人工基因调节器的任何哺乳动物细胞类型测试调控基因,TALEN的CRISPR / Cas9加上活化剂,阻遏或重塑染色质的酶。

UNC向量核心提供最高质量的AAV载体(研究级只),以学术,政府,基金会和生物技术行业的客户。

其他基因组学

UNC生物信息学中心为北卡罗来纳大学研究人员提供生物信息学研究支持。作为该任务的一部分,我们管理和维护几个由UNC-CH授权的商业软件包的许可证。这些软件包包括用于实验分子生物学的软件(Sequencher、DNASTAR和载体NTI)、下一代测序数据分析(CLC Genomics Workbench)和微阵列数据(Partek Genomics Suite)。我们还提供获取(和管理)UNC-CH的独创性途径分析(IPA)许可证的途径。这些工具在多个操作系统上受到支持。我们与it - research Computing紧密合作,为生物医学研究人员访问大型计算资源提供便利。我们在ITS-RC计算集群上预装、维护和更新了许多用于分析下一代数据的开源软件包。集群上提供了BLAST数据库的本地副本,并且每周更新一次。

我们每年都提供针对不同生物信息学工具/主题的“实践”培训。基本生物资讯工具工作坊(https://guides.lib.unc.edu/bioinformatics)与健康科学图书馆合作,于每年春季及秋季开办。它们包括几个星期的两个小时的会议。这些研讨会的视频记录被创建并保持可用(根据要求)以您自己的速度学习。每年举办三次关于下一代序列数据分析的全日密集讲习班。我们还管理nc - htsf的信息技术基础设施。这包括对UNC-HTSF为大多数项目生成的所有序列数据的处理、质量控制、分发和备份。

伦蒂-shRNA和伦蒂-cDNA的核心设施的前提是三个库:人cDNA文库中的慢病毒载体,以过表达人类基因(CMV启动子的控制之下)和两个开放Biosystems的TRC1 shRNA文库(拦截的小鼠或人基因)。shRNA的库编目为涉及〜16000人类和小鼠基因单慢病毒载体的shRNA表达克隆。每个基因通过由U6启动子驱动的4-5不同的shRNA的目标。此外,控制矢量轴承混杂shRNA或shRNA针对GFP是可用的。请注意的shRNA击倒效率还没有得到证实。shRNA的核心提供了在甘油细菌种群或载体颗粒制剂(〜10mL)中的形式的慢病毒shRNA载体。该shRNA的核心还提供了设计和优化编码shRNA的慢病毒载体咨询。根据要求,芯还可以用于shRNA的递送提供备用平台,采用了各种启动子和其它顺式元件的改善的shRNA表达。

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